Tendrías que hacerlo a mano con Zapier o Make.

Esta sería la lógica que necesitas configurar en Zapier/Make:

Nuevo Pedido en Shopify (asegurate de tener el número de teléfono) => Crear nuevo suscriptor en Manychat => enviar la info necesaria (por ejemplo, los datos del pedido - eso lo guardas en Custom Fields) => disparar el flujo para ese usuario (el que tenga la plantilla de WhatsApp).

pero como puedo agregarlo a una secuencia si el pedido de shopify no tiene ningun ID de many chat

Hay manera de crear un contacto en automatico con los datos de shopify y de ahi tomar el ID?  

Sí, con la API de Manychat.

Mira el método createSubscriber:

https://api.manychat.com/swagger#/Subscriber/f42eb3580f33178fdf9d87f0c778f86e

Vas a necesitar usar el número de teléfono para crear el usuario de Whatsapp.

Tengo un problema, en la linea "gender": "string",

me pide agregar el genero, pero shopify no tiene ningun apartado para solicitarlo y no lo arroja por deduccion, 

intenté dejar ese valor vacio y tambien probé con “Male” o “Female” y en zapier presenta un error 400 relacionado con este tipo de formato, al parecer por que falta ese valor,  

No debería ser necesario el gender.

Sí necesitas consent_phrase, y los has_opt_in.

Con eso debería funcionar.

he logrado establecer la conexion y crear el suscriptor, pero ahora me arroja este error 

• "warning": "Permission denied to import phone. Please contact support to enable this feature"

en realidad el equipo de manychat puede ayudarme con este feature? 

Estás en el Free Trial o ya en la versión Pro paga? Quizás sea por eso.

Habla con el soporte de Manychat. https://support.manychat.com 

Estoy en la version Pro,  ya hable con el equipo de Manychat y ya me habilitaron la funcion, pero ahora intento hacer la conexion con shopify flow y recibo este error 

Con make no tuve mucho problema para hacer la conexion pero quisiera hacerlo directamente con Shopify flow por los gatillos instantaneos que tiene

Hola Compañeros, tengo una duda, ya logre crear el suscriptor en manychat con el numero de telefono atraves de la API de manychat, sin embargo cuando quiero establecer el valor de un campo personalizado en manychat para enviar el numero del pedido de la compra, es necesario el id del suscriptor en manychat, y la verdad no logro acceder al id para poder asignar el valor a la variable. 

@FERRELUX la respuesta al ‘createSubscriber’ viene con el ID del usuario. Necesitas sacarlo de ahí.

Si necesitas ayuda con la API avisame que tenemos un curso completo sobre el tema.