Olá, ​@FlávioLopesBZ!

Infelizmente, não são problemas, mas é a política da Meta.

Depois que você vincula um número à API oficial do WhatsApp (independentemente de qual que seja a plataforma), não é mais possível usá-lo para vincular o número ao aplicativo do WhatsApp ou WA Business.

Vinculando o número à Manychat, a única forma de interagir com os seus clientes é pelo Live Chat.

Caso você se arrependa de ter usado algum número conhecido pelo seu público, ainda pode desvincular ele da Manychat, ir ao WhatsApp Manager da do seu Meta Business e removê-lo lá também: https://business.facebook.com/latest/whatsapp_manager/phone_numbers

Depois disso é possível usar o número no aplicativo novamente.

Acaba sendo uma boa prática sempre usar um número novo para vincular com a API Oficial para evitar essas “desvantagens”.