Buena pregunta, y aquí está la clave: hay dos formas de poner los tiempos en ManyChat, y solo debes usar UNA, no las dos a la vez.
1. Si usas una Secuencia (como tu "Seguimiento Pereira"): el tiempo se configura SOLO en la columna "Programador" (lo que marcaste en rojo: después de 30 min, 6 horas, etc.). Esa es la espera. NO tienes que volver a poner el tiempo dentro del mensaje, la secuencia ya los espacia sola. Eso sí, revisa dos cosas: que el interruptor de "Activo" de cada mensaje esté encendido (en tu captura se ven apagados, y apagados no envían), y que el contacto entre a la secuencia una sola vez.
2. Si usas un Flujo (como tu segunda captura con la "Pausa inteligente"): ahí NO usas la secuencia. La espera la hace el nodo de Pausa inteligente (tu nodo de 23 horas). El tiempo va dentro del nodo, entre un mensaje y el siguiente.
El error más común es mezclar las dos, o poner los mensajes seguidos en un flujo sin nodos de Pausa inteligente entre ellos, y ahí es cuando salen todos de golpe. Elige un solo método.
Y ojo con WhatsApp, esto es clave: la ventana de 24h solo se reinicia cuando el CLIENTE te escribe, no cuando tú envías. Como tus seguimientos de 3, 15 y 30 días salen cuando el cliente ya lleva días sin responder, esos van a estar siempre fuera de la ventana, así que sí o sí tienen que ser plantillas aprobadas (Message Templates) o WhatsApp no los entrega. Los de 30 min, 6 h y 23 h normalmente caen dentro de la ventana y van como mensaje normal.
Cualquier cosa me dices. Un abrazo!