Opa, @conde!

Esse realmente é um padrão da própria Meta do funcionamento da “reposta padrão”.

Consigo pensar em duas opções para esse seu caso:

• Desativar a resposta padrão e utilizar Iniciadores de Conversa.
• Se você preferir manter a resposta padrão:
  • Crie uma tag.
  • Na resposta padrão, antes de qualquer mensagem, defina uma condição para verificar se o contato não possui a tag e somente enviar algo se isto for verdadeiro.
  • Em suas automações, logo após os gatilhos, inclua uma ação atribuindo essa tag e outra ação ao final removendo-a.

Dessa forma, ao entrar em alguma outra automação a tag será atribuída ao contato e se ele enviar alguma coisa antes de finalizar toda a automação, a condição na resposta automática não seguirá com o fluxo.

PS: você também pode incluir um atraso inteligente antes de remover a tag para que o contato possa enviar algo depois da automação sem que receba a resposta padrão. 

Espero que isso te ajude!